Alain Henry travaille depuis 2004 comme expert au Bureau fédéral du Plan, dans la Task force développement durable. Il contribue, dans le cadre d’une démarche transdisciplinaire, aux analyses de la situation actuelle, aux évaluations de la politique menée et aux scénarios de prospective réalisés dans les Rapports fédéraux sur le Développement durable. Il est licencié en Sciences physiques et Maître en sciences économiques. Son domaine d'expertise comprend les thèmes du transport, de l'énergie et des changements climatiques, tous dans un contexte de développement durable. Il contribue aux activités de prospective, notamment en développant le modèle comptable TransAccount.

Il a d'abord travaillé au bureau d'études économiques Standard & Poor's DRI (maintenant intégré dans IHS Global Insight), où il a participé à puis géré des études inter-sectorielles et des études d'impact de politiques environnementales dans les domaines de l'énergie et du transport. Il a ensuite travaillé à la KULeuven (étude sur le coût de la production d'énergie) puis a rejoint le bureau d'études STRATEC, où il était responsable d'études dans le secteur du transport.