Après des études d'économie aux Facultés Universitaires Notre-Dame de la Paix à Namur, Henri Bogaert a travaillé pour le Bureau fédéral du Plan. Il a été membre de l'équipe en charge des analyses macroéconomiques et des prévisions. Il a travaillé en particulier sur la construction et l'utilisation de modèles macroéconomiques. De 1989 à 1990, il a participé à la mise en place d'une société privée (ADE) spécialisée dans les études économiques. De 1990 à 1992, il a été nommé directeur adjoint au Cabinet du Premier ministre. Depuis 1993, il est Commissaire au Plan.